Головний герой Такемічі знову мандрує в минуле, щоб врятувати життя Хінати та зупинити злі наміри Кісакі, який керує бандою «Токіо Манджі».

Після перемоги То-Ман у великій битві, Такемічі дізнається, що деякі його побратими по команді раніше були членами «Чорних драконів» і почали розкол у керівництві. Такемічі намагається розібратися в ситуації, а Наото має для нього несподівану новину.

Ніку жене крізь космос розумний вірус, який от-от знищить людство, вона шукає рідкісну квітку — триліум, — яка начебто може зцілити від цієї напасті. Зранений і змучений привидами Великої Війни, Вільям шукає славетний храм інків, який, як він сподівається, може повернути його життю сенс. Вони з різних світів. Із різних часів. З різного минулого. Але їхні життя мають незбагненним чином переплестися. Між їхніми світами існує портал — місток між їхніми душами. Таємниця, яка може врятувати їх… або знищити усе живе. Перед ними постане таємниця триліуму. І єдину надію розгадати її вони віднайдуть одне в одному.